首先，從劇情的角度，大致的理一理思路，故事發生在未來，地球資源已被破壞殆盡，地球的生態系統也不再適應人類生存。人類奔向了太空，同時也製造了數百台的Proxy（Proxy的力量過於強大，所以只有數百台。Proxy害怕自然陽光，但人類並不會被刺傷害，這也造成了Proxy一直是生活在陰影中）。Proxy製造的目的，就是用來改造地球生態的，所以，他們能夠創造新的人類（穹頂裏的人類，都是由駐守該穹頂的Proxy製造）。
文森特，也就是我們熟知的Ergo Proxy，是被Proxy One製造，並被賦予了不害怕自然光的力量，Proxy都是有思維的。而文森在這方面的表現則尤為突出，既有人類的七情六欲，又有Proxy的超凡力量。
文森特創造了Romudo，並把行政權力交給了莉露的“爺爺”（莉露與她的爺爺並無任何血緣關係）。而文森自己因為受到Monad Proxy（也就是第一話中，與文森戰鬥的神秘Proxy）的召喚離開Romudo，這種召喚是Proxy之間特有的方式。Moscow是monad的穹頂，在那裏，文森的Proxy一面，被Monad的愛徹底的隱埋，淪為凡人。但是，這樣的後果，是Proxy One（文森的製造者）最不願看到的，他暗中指使多諾文（莉露的爺爺，Romudo的管轄者）率領Romudo的人民軍，潛入Moscow，並將Monad徹底封印，帶回了Romudo。而文森本人則因Monad的封印，在極度痛苦中，召喚隕石，摧毀了Moscow，而且故意抹殺了自己對過去的記憶。
（其實，文森的記憶曾被存放在Moscow的一密室中，被一AR看管。但在Moscow被毀掉後，這個AR最終卻被文森殺死，這樣做的目的很簡單，就是要讓自己徹底失去過去的記憶。這裏存在一個很大的爭議，AR究竟是被Proxy One所殺，還是被文森所殺？首先，AR被殺之時，Proxy在流淚，為什麼流淚？這是一種痛苦的淚水，忘記過去的痛苦淚水，這一點似乎說明了，殺掉AR的是文森；但是，密室牆上的Awakening，這是誰留下的？應該是Proxy One！為什麼會是這樣呢？這裏就得這樣解釋了，我們第一次看到Awakening是在最初話，莉露的房間內，這句話就是要讓莉露覺醒為Proxy，將文森幹掉，即使不能幹掉文森，也能使文森因痛苦而對Romudo加以報復，這兩種情況產生的結果都是一樣的，直接導致Romudo的毀滅！但是文森及時到來，阻止了這一切，並在此與Monad遭遇。Monad到此的目的，是為了阻止莉露覺醒，保護文森！只不過，文森為了保護莉露，將Monad視為了敵人。到這裏，Proxy One的計畫算是失敗了。因此，他醞釀了一場更大的陰謀，使計將文森趕出Romudo，以此來增加文森對Romudo的恨意。可是，文森雖然離開了Romudo，卻與One的計畫背道而馳，文森的目的地，已成了Moscow。Proxy One於是便想在Moscow借莉露的力量將文森解決，所以，Moscow密室的牆上出現了Awakening的字樣！只可惜，他的算盤又打錯了，此時的莉露已經有了自我必須找到的真相，而且莉露也已經愛上了文森。）
Proxy之間的固有呼喚，確是無法抹殺的，文森在收容所第一次見到莉露的時候，下意識的覺得自己被莉露莫名的吸引，而且這種吸引無法抗拒（莉露，Monad的克隆體，Romudo高層製造她的目的，就是為了利用Proxy之間的固有吸引，找回文森）。也因此，文森為了再見莉露，重返Romudo，成了一個老實的移民。（關於文森回到Romudo的事實，只有Proxy One知道。）
文森的再次歸來，在初期還算安定，但是Proxy One卻在暗中促使AR自我覺醒。此時的文森並不知道自己的Proxy的身份，Proxy One也就是借此機會，喚醒了Monad Proxy（Proxy One這樣做的目的，就是要趁文森還未發覺自己是Proxy時，借文森的手，殺掉Monad）。覺醒的Monad Proxy感知到了文森的存在，同時她也感知到了自己的克隆體莉露的存在。第一話中，文森化為Ergo潛入莉露的閨房，其動機只是為了保護莉露，但是Monad在這個時間的出現，使得文森誤以為Monad要殺掉莉露。Monad並不想與文森戰鬥，因為她很清楚現在的文森處於失憶狀態，所以她想接近文森，喚醒她失去的記憶。但是，一心想成為良好市民的文森，在極度的恐慌中，失手將Monad殺掉。Proxy One的目的達到了，攪局的Monad終於死在了文森的手裏。這樣，Proxy One本已失敗的計畫又能換種方式，順利的進行了，先將文森趕出Romudo，然後利用文森的復仇心理，對Romudo進行毀滅性的報復，通過這種報復，來滿足自己對製造Proxy的人類的懲罰！
本來，Proxy One的計畫是天衣無縫的，但是莉露，皮諾的出現擾亂了一切！在Commue，Queen等人的陣亡，讓文森深信，只有找到自己的過去，才能將所有的真相揭開。之後，文森與皮諾在旅行中，相繼遇到了月光，光輝兩個Proxy，在他們身上，他感到了身為Proxy的孤鬱。光輝與月光，因契約而死。說的直接點，是因孤獨而死，因孤獨，而產生了對人類的憎恨。他們是可悲的，因為他們不僅不能和人類融洽，而且也不能與AR良好的共同生存。皮諾對光輝的厭惡，就可以說明，在光輝眼裏，AR只是利用的機器，用來毀滅人類的機器。這段遭遇，使得文森對發生在自己身上的一系列怪事，有了更進一步的理解。也使得文森與皮諾之間的旅行朋友關係上升為了生死與共的親密無間的夥伴關係。
之後，文森在自己的記憶中的掙扎，讓他本人認識到了，自己就是Ergo，Ergo就是自己，是不可能將這兩者分開的。也在這個時候，莉露再次出現在文森的眼前。莉露此時的使命，就是將文森帶回去，而且與她同行的還有早已被Cogita病毒感染的AR尼基（莉露身上還帶有兩枚能殺死Proxy的光彈）。在一片廢棄的森林中，四人相繼發現了神秘AR，神秘Proxy，神秘的洞穴。文森為了保護莉露，與神秘Proxy大戰，但最終，莉露射出的光彈，殺死了神秘Proxy！隨即，莉露決定于文森同行，去發現真實，而尼基則被莉露強制性的命令回Romudo。已經覺醒的尼基，只是想與莉露在一起，他並不願意覺醒，而是盼望這象在Romudo一樣，時時刻刻陪伴在莉露左右。覺醒的思想不斷和過去的記憶產生著衝突，這樣的結果直接導致了尼基走上了不歸路。但最終，尼基為救莉露慘遭炸彈炸死。（尼基在神秘山洞中看見的東西，就是人工母體，他也許是第一個知道 人類是由Proxy製造 的AR）
這裏不得不說，廢棄森林中的神秘Proxy，雖然能與AR共存，但卻不能和人類共生，他悲劇的結局，也是種必然。這一事件直接導致了文森，莉露之間感情化學反應的昇華。文森，莉露，皮諾分別代表著Proxy，人類，AR，這樣的組合，進一步的否定了Proxy One的計畫。
隨後，三人在無人城中的遭遇，使得文森明白了莉露，皮諾對自己而言，缺一不可。無人城中的Proxy製造了人類，卻不被自己製造的人類接受，他為了融入人類群體，開始模仿人類，但是最終的結局仍然是，被世人所拋棄。因此，他開始了對人類的報復，讓他們靜靜的死在城中的湖中，最終，這個可悲的Proxy被自我所拋棄，孤獨的死去。。。
文森等人在無風條件制約的困境中，使得莉露終於認識到了自身存在的價值，不是受命於別人的命令，而是自己做自己願意做的事情。這段經歷，使得文森，莉露，皮諾成為真正意義上親密無間的“一家人”。
在Moscow，文森莫名的痛苦，而莉露則在廢墟中，發現了曾經的Monad Proxy的王座，由於自身是Monad的克隆，她聯想出了當時發生的一切（Monad被帶回了Romudo）。雖然發現了存放記憶的密室，但文森並沒如願的找回自己的記憶，而只是得到了兩條項鏈，以及返回Romudo才能洞悉一切的啟示。
在重歸Romudo的途中，文森在與一神秘Proxy的交手中，明白了自己的命運需要自己去完成。否則，就會連累到自己的真愛：莉露，以及好友：皮諾。他不得不離開了莉露，皮諾，隻身一人，獨自前往Romudo。莉露為了追尋真相，又為了不讓皮諾受到傷害，只好趁皮諾熟睡的時候，離開了她，追隨文森的腳步，回到了Romudo。
回到Romudo的文森，因找尋真相的迫切，以及對Romudo既愛又恨的複雜心理，使他不得不與Ergo完全融合，完全融合的開始，Ergo的思想占了上風，所以開始了對Romudo的復仇。（這正是Proxy One真正的目的所在）但是，莉露的及時出現，使得文森逐漸清醒。另一方面，Proxy One仍在打莉露的主意，望借助莉露之手殺掉文森。文森終於戰勝了自我，與Ergo徹底的融合，並完整地保留裏文森的意識。莉露從四石那裏瞭解了真相，通過縝密的思索，揭穿了Proxy One的陰謀，並幫助文森找到了Proxy One的所在，最終的大戰就此展開。
Proxy One告訴了文森，是由自己所製造的，報復人類的武器，這讓文森再次陷入了思維的混亂，但是，由於莉露的愛，文森戰勝了自我，與Proxy One展開大戰。最終，文森取得了勝利。此時，Monad（醫生製造的另一個莉露，她完全覺醒，成為了新的Monad Proxy）的出現，帶走了文森，Monad知道一切，深知Proxy必須面對的命運，她深愛著文森，並希望與文森一起面對最終的湮滅（Proxy見到自然光，就會滅亡，但是文森是特例）。此時的文森，心裏只有深愛著的莉露，他離開了Monad，重新回到了Romudo，而Monad最終幸福的消失在明媚的太陽光中！文森回到Proxy One身邊，Proxy One充滿希望的指出，文森即是最終的Proxy，是自己未完心願的最好的代言！
最終，分開的三人，文森，莉露，皮諾（還有新加入的Raul的AR）重新聚到一起，為了迎接新的未來而繼續戰鬥。
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現在，再來說說，劇中另外幾個比較重要的人物：
Monad Proxy：文森的舊愛，洞悉一切的Proxy，她估計是唯一一個沒有怨恨Proxy命運，敢於面對真相的Proxy。關於她的身份，是貫穿整個故事的暗線，與文森追尋自我，莉露追尋真相這條股市明線交相呼應。
Raul Krude：Romudo的警備署局長，可悲的良好市民。其實，Raul是個好人，敢愛敢恨的人，只不過，文森“迫使”皮諾離開的事實，使得Raul對文森產生了不可磨滅的憎恨。他想方設法的都要毀掉文森，但是這樣做的結果，也使得他走上了不歸路。
醫生Dedalus：這是個可悲的小人物，自以為是，自視清高，卻不知山外有山，天外有天。當知道這些的時候，又不願去接受事實，而沉迷於對莉露的迷戀中，不可自拔。即使，他製造出了另一個莉露，卻還是最終被拋棄，因為莉露（Monad）心裏只有文森。Dedalus與Raul一樣，因為失去了自己最寶貴的東西，而開始對文森產生了不可磨滅的痛恨，嫉妒。
Raul和Dedalus都因憎恨文森走上了滅亡之路，但兩人的最終結果，卻不同，Raul並沒被皮諾拋棄，皮諾心裏，分量最重的還是她的爸爸：Raul，Raul是帶著再見皮諾的美好心願而死。而Dedalus則是被徹底的拋棄，絕望而死。
Raul和Dedalus從兩個側面，充分說明了良好市民的可悲命運，但他們至少還反抗過自己的命運。而Romudo中的其他市民，則是不擇不扣地墨守成規，因為在他們腦子裏，只有這樣，才能有“美好”的生活，最終，他們不得不在沉默中滅亡。
Romudo高層，莉露的爺爺，Dolowen.Meya：這也是個很具有諷刺意味的角色，他的一生，都在為了再次見到Ergo而不懈的追尋。文森對他而言，就是神，創造一切的神。為了再見文森，他居然攻打Moscow（當然，Proxy One在暗中不斷的慫恿），將Monad封印，這直接導致了文森抹殺了自己的記憶。Dolowen為了再見Ergo，用Monad的細胞克隆了莉露，因為他似乎明白Proxy之間神秘的關係紐帶，莉露的出現，確實將文森帶回了Romudo，但是，很可笑的是，Dolowen卻不知道這個擁有移名身份的，名不見經傳的男子，竟是自己望穿秋水，等待著的Ergo。最終，Dolowen見到了從Moscow再次歸來的Ergo，自己也流著淚死在了Ergo手中。真不知道這淚水代表的意思，也許是一種欣慰，激動的淚水吧。
最後，再說說Proxy One
Proxy One：人類製造的第一台Proxy，最強的Proxy。製造他的人類，雖然賜予了他身一般的力量，但是也給了他可悲的命運！Proxy的製造目的，就是用來改造環境的，當陽光再次降臨大地之時，也就是他們滅亡之時。Proxy為人類作了如此多的貢獻，卻最終不得不死於人類為他們設下的可悲命運之中，這讓幾乎所有的Proxy都倍感失望，無助。於是，他們開始了對人類的報復，製造他們，然後毀滅他們，周而復始的享受這種樂趣。但是，時間是漫長而有限的，太陽之光，總有一天會穿透漆黑的雲層，照亮整個大地，Proxy停止了運作，日復一日的迷茫著。Proxy One想出了最好的懲罰辦法，製造究極的Proxy，沒有任何弱點的Proxy，這就是故事的主人公，文森特.羅！Proxy One的報復到底是成是敗，確實難以定奪，但是，最終文森的存在，確實是他最大的欣慰！
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